La collégiale de l'Isle-Jourdain a connu une histoire turbulente à travers les siècles
Le premier bâtiment du site était un prieuré attesté dès 1177. Érigée en collégiale en 1318 par le pape Jean XXII, l'église héberge un chapitre de 12 chanoines répondant à l'autorité d'un doyen. L'église est détruite en 1580 par les protestants venus avec Henri IV occuper la ville.
Une nouvelle église est construite dont ne demeure que la tour à l'heure actuelle. Elle servait de tour de guet en raison de sa hauteur. Cela n'empêche pas Georges du Bourg, le gouverneur de l'Isle-Jourdain, d'envoyer ses hommes raser la nouvelle église en 1585. Après la promulgation de l'édit de Nantes en 1598, le chapitre fait construire une collégiale provisoire qui devient interdite au culte en 1779, car jugée trop dangereuse. Une quatrième version est construite sur le même site entre 1779 et 1785 dans un style néo-classique et sur les plans de l’architecte toulousain Arnaud Raymond. Le financement se fait en lançant une cagnotte à laquelle participent l’archevêque de Toulouse et le roi Louis XIV en personne. La Révolution française met un coup d'arrêt à l'aménagement de la collégiale. Il faut attendre 1820 pour que celle-ci reçoive ses ornements intérieurs et son mobilier. La collégiale présente la particularité assez rare de ne pas posséder de clocher. Elle se présente sous la forme d'une croix gréco-latine à nef unique. Le chœur et la nef possèdent peu ou prou les mêmes dimensions, offrant à l'édifice une harmonie plaisante.